کلید خارجی (Foreign key) فقط برای حفظ ثبات داده‌های مرتبط بهم، مفید هستند. کلیدهای خارجی موجب می‌شوند که برخی کوئری‌های UPDATE و DELETE که در جدول ابهام ایجاد می‌کند، اجرا نشود و جلوی آنها گرفته شود و الا کلیدهای خارجی نه تنها تاثیر مثبتی بر سرعت اجرا ندارند بلکه کمی از سرعت اجرای کوئری می‌کاهند.

یکی دیگر از محدودیت‌های استفاده از کلیدهای خارجی این است که هر دو جدول الزاما باید از یک نوع موتور ذخیره‌سازی (storage engine) استفاده کنند و Foreign Key و Referenced Key هر دو باید دقیقا دارای یک ساختار باشند و Referenced Key حتما باید index شده باشد.